דו"ח של אגף הרכבות במשרד התחבורה מצא שמרבית אירועי הבטיחות ברכבת ישראל בשנים 2012 ו-2013 נגרמו בגלל התעלמות מנהלים, הכשרה לקויה, בעיות בריאות וטעויות אנוש
עבודה בניגוד לנהלים ולהוראות, טעויות אנוש, היעדר הכשרה והסמכה, מחסור בנהלים ובעיות בריאות – אלה הסיבות העיקריות למרבית אירועי הבטיחות שדווחו ברכבת ישראל בשנים 2012 ו-2013. כך עולה מדו"ח בטיחות שהכין אגף הרכבות במשרד התחבורה. מהדו"ח עולה כי יותר מ-60% מכל אירועי הבטיחות – לא כולל פריצת מחסומים על-ידי כלי רכב – נגרמו בגלל סיבות המיוחסות ל"גורם האנושי".
על-פי הדו"ח, את רוב אירועי הבטיחות שבהם מעורב רק ציוד נייד אפשר לחלק לחמישה סוגי אירועים: "שימוט" (ירידת קטר או קרון מהפסים), התנגשות ציוד נייד בעצמים נייחים, מעבר על-פני "סימנור אדום", התנגשות ציוד נייד בציוד נייד ושריפה בציוד נייד.
"כל אחד מחמשת הסיווגים הראשיים (המפורטים לעיל, ש.ה) הינם אירועים שבהם יש למפעיל שליטה מלאה, והם אינם תלויים בגורמים חיצוניים אחרים", מסבירים באגף הרכבות. מבדיקה שערך האגף עולה כי בשנת 2013 נרשמו 127 אירועי בטיחות ברכבת, מהם 80 אירועים של פריצת מחסום על-ידי כלי רכב, ובשנת 2012 נרשמו 125 אירועים (מהם 66 פריצות מחסום).
התנגשות של רכבת ברכבת אחרת היא אירוע נדיר יחסית: ארבעה אירועים דווחו ב-2013 וחמישה דווחו ב-2012. אולם, באגף הרכבות במשרד התחבורה מציינים כי "התנגשויות שבהן מעורבות רכבות נוסעים קורות לעתים רחוקות, אך כפי שאפשר לראות מתאונת רכבות הנוסעים בנתניה (באפריל 2011) הנזק הוא גדול מאוד – באותו אירוע הנזק לציוד נאמד בכ-40 מיליון שקלים ומבחינת פגיעות בנפש היו 10 פצועים קל, ביניהם נהג הרכבת וכ–40 נפגעי חרדה".
אירועים של שימוט – נפילת קרונות מהמסילה – לרוב אינם מדווחים לציבור, אך פוטנציאל הסכנה הטמון בהם אינו קטן מזה של התנגשות רכבות. דוגמה לכך אפשר למצוא באירוע שימוט שאירע בספטמבר 2013 ליד קריית גת: באירוע הייתה מעורבת רכבת שהובילה חומרים מסוכנים. באגף הרכבות מסבירים כי "האירוע נבע כתוצאה מכשל טכני ונשמטו בו 9 מתוך 13 קרונות הרכבת… קרונות הברום נותרו עומדים על המסילה. יש לציין כי במקרה של התפתחות אירוע ברום בתנאים שהיו, הוא היה גורם לאירוע רב-נפגעים".
מהדו"ח עולה עוד כי חלק גדול מאירועי הבטיחות שבהם מעורב רק ציוד נייד מתרחשים בתוך מתחמי התחזוקה של הרכבת: 38% מהאירועים בשנת 2013 ו-42% ב-2012. באירועים אלה נגרם לרוב נזק בלבד, אך באגף הרכבות מזהירים כי "יש להתייחס לנושא הנזק בחומרה רבה, וזאת לא רק כתוצאה מהנזק הכספי הישיר והעקיף הרב שנגרם לחברה, אלא גם לאור העובדה כי יתכן וייגרם נזק נראה ובלתי-נראה לציוד הנייד, והציוד יופנה לתפעול עם נוסעים".
אזהרה זו מתייחסת לאירוע חמור במיוחד, שאירע במאי 2013: שתי רכבות נוסעים ריקות התנגשו בעוצמה במתחם הרכבת בלוד, וכתוצאה מכך נגרם נזק רב. האירוע לא דווח להנהלת הרכבת, ואחת הרכבות חזרה לפעילות למרות הנזק שנרגם לה. רק מאוחר יותר הועבר דיווח, והרכבות המעורבות הושבתו. "בכך נוצר פוטנציאל גדול לפגיעה בנוסעים", מבהירים באגף הרכבות במשרד התחבורה.